Beim Beenden von Puppy Linux hat man die Option, alle Einstellungen, Dokumente und Tabellen, E-Mails, Browser-Einstellungen usw. abzuspeichern. Puppy Linux legt dazu eine, von Windows aus gesehen, einzige große Datei auf einer Windows FAT32-Partition an, in der alles gespeichert wird. Als Speichermedium kann sowohl die Festplatte, eine CD-RW oder auch eine Speicherkarte (zum Beispiel eine Secure-Digital-Speicherkarte mit USB-Cardreader oder ähnliches) dienen. Damit erhält man beim nächsten Start wieder genau dieselbe Umgebung mit allen Einstellungen und Dateien, wie beim vorhergehenden Beenden. Die Daten werden dabei in einer Datei pup_save.2fs (oder auch pup_save.3fs) abgelegt, die intern eine ext2-Linux-Dateisystem-Struktur (bzw. ext3) hat und beim Starten von Puppy Linux entsprechend automatisch erkannt und in das Linux-Dateisystem gemountet wird.
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